Kristel Aer on lõpetanud Eesti Muusikaakadeemia (1992) koorijuhtimise erialal prof. Kuno Arengu juures ning õppinud samas orelit prof. Hugo Lepnurme ja Ines Maidre juhendamisel. 1992-1999 õppis ta põhierialana relit Soomes, Sibeliuse Akadeemia kirikumuusika osakonnas, kust sai kirikumuusika magistrikraadi ja organisti diplomi. Aastatel 1996-1998 täiendas Kristel Aer end Kopenhaageni Kuninglikus Konservatooriumis oreliprof. Hans Fagiuse juures. Veel on ta osalenud L.F. Tagliavini, A. Marconi, L. Lohmanni, J. van Oortmersseni, J. Laukviki ja D. Sangeri meistrikursustel.
Alates 1997. a. sügisest töötab ta oreliõpetajana Georg Otsa nim. Tallinna Muusikakoolis ning alates 2001.-st aastast EELK Usuteaduse Instituudi kirikumuusika osakonnas.
Kristel Aer on esinenud paljudes Eestimaa kirikutes, rahvusvahelistel orelifestivalidel ning andnud kontserte Põhjamaades, Poolas, Tšehhis, Saksamaal, Venemaal ja Inglismaal. Ta on osalenud ka orkestriprojektides ning teinud koostööd erinevate kooride ja solistidega. Viimasel ajal on olnud hea koostöö klavessiinimängija Ene Naela, fagotist Peeter Sarapuu, oboemängija Dmitri Bulgakovi ja saksofonimängija Siim Aimlaga.
Tema orelimängu võib kuulda neljal CD-plaadil, Juuru, Kadrina, Hageri ning Tallinna Metodisti kiriku orelitel.
Kristel Aer kuulub Hugo Lepnurme Muusikaühingu juhatusse ja on olnud tegev orelifondides Juurus, Hageris, Kadrinas, Tartu Pauluse kirikus ning Saaremaal Kihelkonnal. 2007. aasta suvest korraldab ta kontserdisarja “Juuru Orelisuvi”. Alates 2008. aasta lõpust on K. Aer Muinsuskaitseameti juurde kuuluva Muusikainstrumentide ekspertkomisjoni liige, samuti kuulub ta Eesti Orelisõprade Ühingu (EOÜ) juhatusse.